从入行干生信到现在，我几乎每个项目都离不开samtools。不管是RNA-seq、WGS还是扩增子分析，比对完之后第一件事基本就是它。总有人问我，samtools不是一条命令就装好了吗？有什么好讲的？

本文系统讲解samtools的版本选择、三种安装方式（conda/bioconda、源码编译、系统包管理器），深入解析SAM/BAM格式结构及FLAG/CIGAR ...

A BAM file stores aligned sequencing reads, but every read started life as a plain FASTQ record before an aligner ever touched it. Converting a BAM back to FASTQ throws away the alignment and ...

A BAM (Binary Alignment Map) file is the compressed, binary counterpart to a SAM (Sequence Alignment Map) file. Both formats store the same information — a set of sequencing reads and, for each one, ...

次はいよいよバイオインフォ解析でよく使うツールsamtoolsをインストールしていきます。 windowsの人：前回でインストールに成功したUbuntuを立ち上げてください。 macの人：ターミナルって ...

あなたは次世代シーケンサー（NGS）から大量のデータを手に入れたものの、それをどう取り扱ったら良いのだろうと戸惑っていませんか？ 実験系の研究者にとって、バイオ ...

I have noticed that samtools consensus command always uses 1 thread despite more (-@ 8) threads have been specified in the command. As shown in the processing time stats below, multiple thread ...

Samtools作为一款操作序列比对结果文件（SAM/BAM）的工具，能够灵活转换sam/bam，并且能基于参考序列和Sam/bam文件进行变异位点 ...